【本片翻译由澄空学园字幕组提供】故事讲述男主角星野一马，为了陪同身体虚弱的弟弟星野步疗养，在学期过了一半却决定和弟弟由市镇搬到空气清新的乡郊山比古町居住。本应是值得纪念的转校第一天，一马在这陌生的道路上迷了路，但幸好的是，一马遇到了同校的女生中津川初，并像其他王道游戏般，两人“意外地”滑倒，又“意外地”地接了吻。在一连串的意外后，最意外的竟是被初的好友日向伊吹看到了，就这样，他们三人的初遇及再遇的故事便在这乡郊里展开。

故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。

有一项经由为人应援而成为主角，世界上唯一的运动——。在啦啦队上赌上青春，虽然特别却又可爱的男子大学生们的物语，那就是《男子啦啦队!!》。在柔道上遭遇挫折的坂东晴希，被幼时的好友桥本一马邀请，而组成了前所未闻的男子啦啦队“BREAKERS”。聚集在一起的有，好认死理的沟口、很能吃的阿顿、轻浮的关西人·弦和一郎、以及有过啦啦队经验的美青年·翔，这些独具个性的人们。有着“想要打破”的某些东西的男儿们，开始了新的挑战……！

事情起源于二十年前。大地隆起，日本的神奈川县在分离之后就被孤立。以后在神奈川出生的少数人就懂得运用阿尔达超能力。阿尔达超能力（Alter）是一种能够将物质分解再构成的力量……数马和刘鳯是对立的，因为所属的地方不同。数马是一个为了钱而生活的人，以自己的超能力来为自己获得金钱，从而满足自己的生活。刘鳯是一个为了找寻阿尔达结晶体，为自己的妈妈报仇而加入圣堂u002F神圣部队（HOLY）的人。圣堂是由阿尔达超能力者组成的警察部队，为了保护没有超能力者、制止超能力犯罪而设立，所以圣堂的人会捕捉周围土生的超能力者。该

　　在一个传说中的监狱里，有着正直的好青年、漂亮的女人、军人模样的中年男人、看上去像孩子的宅女、谜一般的老人、此外还有一只猫。故事就是从这个与世隔绝的设施中开始了。　　有一天，设施内突然全面的停电，因此关着每一个人的门都能够被打开，这些人就这样相遇了。但是这座监狱里面并没有一个看守人员，那么他们究竟是怎么被关在里面的？里面除了这五个人以外没有人了，一切看上去都充满了谜团。他们联合策划着要从这座监狱逃出去，但是无论如何都招不到监狱的出口。随着谜之老人一个人的奇妙举动，这座设施也开始了异变……究竟这座设施有什