故事从高中女生佐仓千代好不容易提起勇气向同年级的野崎梅太郎告白开始，可是此后她得到的却是野崎的亲笔签名，以及“要不要来我家？”的邀请。佐仓虽然对这意料之外的展开感到困惑，却还是带着期待来到野崎家，没想到等着她的却是漫画原稿，不知不觉间就顺着野崎的指示开始进行图黑作业，这时佐仓才发现野崎是知名少女漫画家梦野咲子！

思春期的少年少女中极少部分人会发作的特殊能力。驱使着无人知晓的能力，过着顺风顺水学园生活的乙坂有宇。突然出现在这样的他的面前的少女，友利奈绪。从与她相遇的那一天起，被揭露出特殊能力者的宿命。这是由麻枝准所描绘的，特殊能力者们奔跑着的青春物语——。

阿尔・韦恩是个生平无大志，只想终生务农的农民。为了成为顶尖的农民，他不断从事农业工作，并钻研所有与农民相关的技能。然而就在他将农民相关技能全部练满的时候，他的生活却开始急转直下，偏往与农民截然不同的方向发展……平凡农民的不平凡冒险即将开始！

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。