卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，要参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位杀手的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。

新任狱警胡安为展示良好职业风貌，提前一天入狱体验工作。而在这一天里，犯人头目“恶母”击伤狱警，带领犯人暴动，监狱陷入了一片混乱……胡安因受伤被同伴丢弃在211囚室，为了避免被犯人们当做人质，他只得乔装罪犯，谋取恶母的信任，试图寻找脱身机会。犯人们以监狱中的三名刑期百年以上的“埃塔”恐怖分子要挟官方答应他们的谈判条件，因政府与埃塔方面有协议在先，监狱方与特别行动组投鼠忌器，迟迟不能强攻，致使局势僵持。另一方面，监狱暴动经媒体报道后引起连锁反应，家属们纷纷来到监狱探听消息，却遭到狱警们的毒打，胡安怀有身孕的妻

讲述了从切·格瓦拉在联合国讲话开始，到1967年被玻利维亚政府杀害时间段的故事。