《萌菌物语》以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生活。直保拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，从而引起了一系列小小的骚动。

拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情……在每集动画中的片尾都有“菌剧场”。