本次故事舞台在自由、热情的海滨城市——新旧金山。搬到这里的无敌，遇到了一位自称DJ的男子。而DJ使无敌变身成为了名叫“无敌侠”的劲舞英雄。二人立志携手用歌声与舞蹈击退突然出现的怪物，守护整个城市。而这一切的背后，一场威胁整个人类的危机正暗流涌动……

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

少年时代，南波兄弟意外在夜空中目击了那如梦如幻的UFO，这次经历在他们幼小的心中埋下了航空梦的种子，他们相约朝着宇航员的目标努力，携手登上月球表面。此去经年，南波日日人率先实现了兄弟俩的梦想，另一方面，日日人的哥哥南波六太正走着一条全然不同的道路。他少言寡语，全无干劲，而就在他最低落的时刻，一个久违的词汇突然在他的脑海中浮现。

故事主要讲述的是对于不擅长与男生打交道的主人公吉冈双叶来说，“田中君”是特别的存在。由于在暑假时田中君转校了，所以双叶未能向他传达自己内心的感情。之后，受到男生欢迎的双叶也因此被其他女生排挤，就这样度过了难受的中学时代。升入高中以后，为了不被女生讨厌而故意做出一些粗心大意的举动的双叶，与她的初恋对象“田中君”重逢。然而，田中君在初中时的性格也已改变了，故事便由此展开。

19世纪的英国，名门贵族凡多姆海威家的执事塞巴斯蒂安·米卡利斯跟随着13岁的主人夏尔·凡多姆海威，作为“女王的番犬”，每天都背负着黑社会的肮脏工作。有天，在一次煞有介事的私语中他们得知了关于“死者复生”的传闻。为了调查事情真相，塞巴斯蒂安他们进到了豪华客船“坎帕尼亚号”。等待他们的到底是？

游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游