热爱歌舞伎的高中1年生来栖黑悟的梦想，是在社团中进行歌舞伎的活动。但，他入学的高中却并不存在这样的社团。“既然如此，就由我们自己来创立不就行了？”他和好友蜻蜓一起，首先开始为召集成员而四处奔走，但……！？青春歌舞伎物语，开幕！

不知“爱”为何物，不懂得与人恋爱心情的小糸侑，在接到要好的男生告白后，因回复他而陷入迷茫。“要不要加入学生会？”在犹豫加入哪个社团的小糸侑，在听到了老师的建议后，稍有兴趣的她拿着地图前往了学生会室，在途中她邂逅的学生会成员七海灯子，“不论被谁告白，都无法喜欢上对方。”灯子的这句话，让侑感觉找到了与之共鸣的伙伴，侑向灯子诉说了自己一直以来的烦恼。在灯子的鼓励下，侑鼓起勇气拒绝了男生。可是，本以为是自己伙伴的灯子，却在这时——

只要登上塔，就能得到任何想要得东西。塔顶上有着这世界上的一切，登上塔顶的人可以主宰这个世界……甚至成为神。这是为了追逐星空而登塔的少女·蕾哈尔，以及只要有了蕾哈尔就什么也不需要了的少年·第二十五夜的，“完结”与“开始”的故事。

自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大

火莲道出了至今为止一系列事件的真相，而知道了威傲来就是“第二十五夜”的昆，为了让夜再次成为自己的同伴，决定和吉王男等人一起参加在塔的30层举办的工房战。以FUG的下一任候补杀手威傲来为中心的FUG队。吉王男和昆联手组成的糖醋肉队。安德罗西、阿娜克加入的什伊树队。各自的想法错综复杂，夺得本届工房战桂冠的究竟会是哪支队伍？！