故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…

孤僻的约翰儿时许了一个愿，希望他的玩具泰迪熊可以活过来，成为他真正的朋友。奇迹发生了，泰迪（塞思·麦克法兰 配音）有了生命，并和约翰一起生活了二十多年。如今老大不小的约翰（马克·沃尔伯格 饰）无所事事，整天和泰迪一起抽烟喝酒吸大麻，过着醉生梦死的生活。直到他遇上美丽的劳丽（米拉·库妮丝 饰），决心要改变自己。可是，泰迪却并不喜欢约翰的新女友劳丽，总是处处给劳丽找麻烦，甚至破坏约翰和劳丽的感情。面对陪伴多年的老友，和刚刚俘获的女友，约翰要如何处理两者之间的关系？他是不是能找到一个平衡点呢？