故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…

临时女秘书克莉丝(Lara Flynn Boyle)，美艳而神秘，然而在她美丽的外表与姣好的身材下，却藏着一颗狠毒的心。　　她一步一步除掉手边的障碍，让自己在公司的地位大为提升。然而年轻的老板彼得(Timothy Hutton)绝不就此善罢甘休，他决心要阻止克莉丝，以挽救濒临破裂的公司。