此时为天保14年。为培里提督的黑船来到的10年前。有一种被认为从异界过来有着骨肉的怪兽“妖夷”（ようい）正存在于这个世上。为了对付这种怪物，于是一个被叫作“蛮社改所”（ばんしゃあらためしょ）的组织的成员们，皆被冠上了“奇士”（あやし）的称号来消灭这群怪物。

为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎“海螺引擎“，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。并且派遣未性别化的“巫女”担任驾驶员，于是，她们成为了被称为Simoun小队的战斗小队成员，展开了一场激烈的战斗。