谜一般的Meru王子和他的随从Maru在一次海难中出现。某天，他决定迎聚一位公主，而他所锁定的目标居然是夏美，甚至还掳走了她。Keroro等人于是展开“救出夏美大作战”。另一方面，夏美受到Meru王子的高度礼遇，居住在借由她的记忆所投射出来的夏美城。她似乎因为自己的存在受到重视而乐在其中。但是同时，Meru又想把地球变成全都是水的星球，就像他们的故乡一样。Keroro等人能否成功救出夏美，守护地球？

某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无太大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。Keroro小队这次，将为了蓝星的命运而战。