《新·奥特曼》是由圆谷制作株式会社、东宝、凯乐联合制作的一部大电影。电影的年代设定在了现在，沿用了奥特曼的形象，设定和剧情都做了新的定义。地球开始源源不断地出现祸威兽，祸威兽每次出现都会造成巨大的破坏。人类为了守护自己的家园，成立了祸特队。祸特队负责专门处理祸威兽的事情。在人类的共同努力下，陆陆续续出现的祸威兽都被人类给驱逐或者消灭了。随着时间的推移，祸威兽变得越来越难对付，人类政府的开销也变得越来越多。在某次人类与祸威兽的战斗中，一位神秘巨人的出现，引起了所有人的关注，甚至连外星人都参与进来了。

某公司丢失了一枚存有商业机密的SD卡片，临时工隐馆厄介（冈田将生饰）首当其冲受到怀疑。厄介人如其名，从小就遭遇了无数令人匪夷所思的厄运，让他的学业和事业饱经挫折。为了证明清白，他通过神秘的侦探事务所管理人绊井法郎（及川光博饰）联系到了奇怪的侦探掟上今日子（新垣结衣饰）。今日子留着银色的头发，浑身上下记满笔记。她只接受当日预约，所有案件保证当天解决，更为奇怪的是据说她睡了一觉后记忆就会自动清零。在今日子的帮助下，厄介成功洗刷清白，而他对这个与众不同的女孩隐隐有了好感，当然他们的羁绊绝不会就此终结……本片根据