美女学霸有泽一花，化名“微微”跻身网游高手，因拒绝上传真实照片而惨遭侠侣“诚司”无情抛弃，却意外得到“天谕”排名第一的玩家“里昂”的垂青。可一花做梦也没想到，这位游戏大神竟然就是与她同校的风云人物——小野田朝阳。即将毕业的小野田朝阳创办了自己的游戏公司，在咖啡厅初次看到打游戏的一花后，朝阳就被她所吸引，于是得知“诚司”另娶他人后，朝阳主动邀请一花与自己结为侠侣。为了赢得“侠侣挑战赛”，一花欣然答应与朝阳结盟并组队参赛。小野田朝阳意外发生车祸以致错过侠侣大赛的决赛，游戏玩家对此议论纷纷。一花因联系不到他而失

以池袋为舞台，澪虽然很在意青梅竹马的新，但却无法将自己的心情传达给他。某天和新吵架的澪为了和好在去他身边的途中遭遇了交通事故。当澪恢复意识的时候，那是一个从未见过的不可思议的世界……

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。