就读初中二年级的鹿目圆，过着平凡幸福的生活。神秘转学生晓美焰的出现，开始让小圆的命运有了巨大转变。某日一只名为丘比的神秘生物，希望小圆能够与它签订魔法契约，成为“魔法少女”以对抗邪恶的魔女保护世界。正当小圆犹豫烦恼之时，好友沙耶香先一步成为“魔法少女”后，两人才发现原来签订契约后，需付出的代价远比想象中巨大甚至残酷，这一切真相都再次冲击小圆想成为“魔法少女”的想法……

鹿目圆，本来是一位拥有幸福日常生活的平凡人，直至为了解放残酷命运连锁的那天，她赌上身心去改变世界法则，拯救一众魔法少女。因为极度思念而奇迹般保着相关记忆的少女，晓美焰，在重组后的世界继续战斗，并一直盼望彼此带着值得怀缅的欢笑，再次相遇。于这样的一个世界中，魔法少女看到的究竟是希望，还是绝望？