昭和30年，位于山口县的防府市，是一个依山傍水、空气清新的美丽所在。就读小学三年级的青木新子自幼生长在这里，她最喜欢听爷爷讲述的关于这个小町千年前古国国筑的故事。某天，一个来自大都市的转学生走入新子所在的班级。

地球物理学家田所雄介博士带领自己的团队前往深海科考，却发现海底出现异常龟裂与乱泥流，在一系列调查之后，他得出来日本列岛在一年后即将沉没的结论。可是日本政府的官员们却认为田所博士的预测只不值得相信的谎言。只有山本首相认识到事态的严重性，并且委任田所的前妻鹰森沙织为危机管理大臣，带领田所博士和他们的团队设法拯救日本…