战胜曼德斯的瑞一行人来到联合军基地小镇，结果小镇被GA-18炸毁；一行人又逃到变种人部落，结果变种人部落被耶梦加得毁灭；最终一行人冲上阿斯加特展开最终大战，一场世纪较量之后，以阿斯加特的坠落落下了战争的帷幕。然而，这却只是一场阴谋的开始……

阿斯加特大战已经过去了五年，世界开始被一个所谓的“东安联”所支配。看似繁华的商都实际暗流涌动，一时间，夹缝中求生的变种人、堕落凡间的亚人、神秘的黄昏组织以及消失了五年的瑞都出现在了商都这个舞台 ……

逃出商都的瑞一行人，来到穆斯贝尔，想要借助心网的力量寻找圣柜的踪迹；阴魂不散的黄昏组织，自然也紧随其后；受到重创的金蝰蛇组织，也仍未放弃这场角逐。一场围绕圣柜展开的厮杀，即将上演，而当它落下帷幕时，真的，存在赢家吗？