酷乐原本是只普通的小猫，被一对和善的老夫妇所饲养，一直过着平凡而愉快的生活。然而梦想征服世界的刚博士为了实现自己的野心，将小黑猫酷乐改造成了战斗机器猫。莫名其妙被改造的酷乐不愿接受刚博士的控制，逃出来后回到了爷爷奶奶身边。不死心的刚博士为了打倒背叛的酷乐，与伙伴小M制造了其他生化机械兵器，不过倒霉的刚博士似乎永远都控制不了自己制造的机器，失控的机器人军团开始大闹樱花镇，就连外星人及怪兽都来掺一脚。为了收拾刚博士的烂摊子，酷乐、小M与独眼龙小虎联手出击，为守护樱花镇的和平与敌人展开了激烈的战斗！不过他们所造

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。