蕾普莉（西格妮•韦弗SigoureyWeaver饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动

疯狂博士苏伦野心勃勃，藉着超卓武器毁灭宇宙，并走到一处没有时空界限的领域，进行连串恐怖计划。为了挽救人类安危，23世纪的太空船冒险号的队长寇克决定穿梭时空，与24世纪的冒险号船长比加会合，阻止外星侵略行动。