卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，要参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位杀手的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。

乔纳森（汤姆·希德勒斯顿TomHiddleston饰）曾是一名在伊拉克前线拼杀的士兵，退伍后，他来到了一间富丽堂皇的酒店之中，在此担任夜班经理的职务。某日，乔纳森在酒店里偶遇了名为索菲（奥雷·阿蒂卡AureAtika饰）的美丽女子，对其一见钟情，然而，索菲是某军火走私贩的情妇，她将一份涉及到英国军火黑市大佬理查德（休·劳瑞HughLaurie饰）的机密文件偷偷交给乔纳森，随后便死于非命。之后，乔纳森来到了位于瑞士采尔马特的酒店中工作，在那里，他结识了英国情报官安吉拉（奥莉薇娅·柯尔曼OliviaColma