《VENUS PROJECT》描述在近未来的日本，因为情报装置及影像技术的高度发达，让人们对一种名为「FOMULA VENUS」的全新娱乐如痴如醉。这项简称为F-V的活动是由选拔出的偶像，发挥实力及经验与对手展开Live对决。如今，一群少女将以偶像顶峰为目标，以热血、努力及友情踏上这条充满光辉的偶像之路。

为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎“海螺引擎“，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。并且派遣未性别化的“巫女”担任驾驶员，于是，她们成为了被称为Simoun小队的战斗小队成员，展开了一场激烈的战斗。