本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引

时为1986年——日本泡沫经济的前夜。突然来临的狂乱和之后会来临的崩坏，现在街道上的人们都还不知晓。那是一个在电车内只有大叔们带着耳机，听着赛马或棒球还是英文会话的时代，一个在沥青马路上满地都是废旧易拉罐的时代。手机自不必说，就连车内电话都很稀有。留言电话需要和座机电话分开购买，甚至在火车站前面的电话亭，手上拿着电话卡的上班族会排着长队等候着……在这样的时代，年轻的恋人们都会戴着手表，因为从握紧的电话听筒中听到了对方呼唤的声音而让胸口变得期待不已的激动起来，从而与烦恼、哭泣、互相误会等擦肩而过——。在冬天

在众多将要展开「玫瑰色」生活的高中生之中，本作的男主角折木奉太郎却是一个「灰色」的节能主义者。凡是没必要的事就不做，因为不想后悔，被人说是疏离、厌世也无所谓，因为这就是他的作风。这样的折木奉太郎，却因为姐姐的命令而进入了濒临废社的「古籍研究社」。研究社虽然好不容易招到了四名新社员，但却又卷入了四十五年前社长突然肄业的谜团之中。社长当年留下的名为「冰菓」的社刊，内里究竟隐藏了什么神秘的讯息呢……

曾经被称为纽约的城市，仅仅一晚便消失无踪。出现在那里的城市“赫尔沙雷姆兹·罗特”。在浓雾的另一侧展开，连结异世界与现世的这一地区，变化成了各怀心思的人们所跋扈的“地球上最危险的城市”。为了保护这座混沌之城的均衡，持续着不为人知的活动的人们。以使用布雷格利德流血斗术的强硬绅士克劳斯·V·莱因赫兹为首领，面带伤疤的克劳斯的左膀右臂史蒂芬，银发不良扎普·伦弗洛与半人半鱼的齐德，不可视的人狼钱·皇与独眼的淑女K·K。以及拥有“诸神的义眼”的青年雷欧……。当骚动发生之时，秘密结社·莱布拉必定会现身。响彻小巷子里的狂

纽约崩坏后，一夜之间便架构成“赫尔沙雷姆兹·罗特”这个城市。在连系着异世界与现世界的这个魔都里，有个为了保持世界的平衡而在暗地里非常活跃的组织——秘密结社莱布拉！！少年雷欧在一连串的巧合下，加入莱布拉，他身上所隐藏的秘密将会对莱布拉造成什么影响…！？