主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、

死亡通知，这个实验性计划，将会经过好几轮的测试，每一轮的测试，都会挑出几个即将过世的特定人选，观察他们收到死亡通知以后的反应和作为，再依据每一轮的观察结果，决定人类未来，是否都能收到这倒数七天的死亡通知，无论曾经活得多么悠然自得或是挣扎在生命的边缘，作为感情动物的人类，每个人心中总有牵绊、总有挂念、总有遗憾吧…… 到那时候死亡的方式已然不再重要，重要的是这7天时间怎么活，是天界给人类最后不留遗憾的机会，是死神的怜悯。而这个机会人类是否能善加利用？