故事从鲁邦三世与次元大介在一间法国乡村小镇公寓里的房间开始。网络上存在一个黑暗的网站「马可波罗」，在那里你可以买到任何非法的东西，如毒品和枪支。为了窃取数位货币，鲁邦入侵了一个严密的服务器设施，并且遇到一位天才黑客少女艾咪。接着鲁邦在「马可波罗」上被悬赏高额的奖金，而鲁邦跟艾咪要共同面对来自各方的杀手......

国际刑警的钱形幸一警部收到了鲁邦三世从圣马力诺共和国发来的婚礼邀请函，不过结婚对象不是峰不二子，而是一位叫丽贝卡·罗塞里尼的圣马力诺女财阀，身兼时尚模特、女演员等多个职务，她还以「八卦女王」的身份与许多名人有过艳闻。身世背景和不二子一样是个谜……

本作的目标将围绕“卡里奥斯特罗伯爵的遗产”展开，蕾贝卡罗塞里尼被绑架，鲁邦不能放任自己的“妻子”不管，决定从犯人的手里“盗取”蕾贝卡。这其中又隐藏着什么不可告人的秘密呢？