单身父亲泰瑞独自抚养可爱的女儿安吉拉，但是接连不断的幻影让他充满焦虑。此前，泰瑞曾做过心脏移植手术，之后幻影便接连侵袭着他。他偶然得知心脏捐助者名叫让•维艾亚德，是一个55岁因头部重伤死亡的老者。并通过脑中的幻影和捐赠登记表上的记录，泰瑞隐隐感到捐赠过程中似乎存在着不可告人的秘密。在那颗残存着前一个主人记忆的心脏的驱使下，泰瑞尝试着去寻找幕后的一切，却也将自己卷入巨大的漩涡之中

上世纪80年代美国和尼加拉瓜战事冲突时期，美国中情局（CIA）伙同尼加拉瓜的反政府分子，向美国加利福尼亚等地走私可卡因，从中谋取的暴利用来服务战事，打击尼加拉瓜反抗军。当时的记者加利·韦伯（杰瑞米·雷纳 饰）在圣何塞信使报上发表了一系列调查文章，揭露美国中情局这一隐秘行径。圣何塞信使报之后在重重压力下停发，加利·韦伯的记者生涯也随之结束。后来，他的文章结集出版，名为《黑暗联盟》。他本人于2004年中枪死亡，调查结果称是自杀……

米奇·拉普是一个普通的美国青年，他在14岁时在一场悲剧性的车祸中失去了双亲，而与他刚刚订婚的女友也死在了恐怖分子的手中，一心寻求复仇的他被中情局副主管爱琳·肯尼迪招募进入了黑色行动，由冷战时期的精英斯坦·赫利指导训练。米奇的天赋令人惊叹，而斯坦也必须与初出茅庐的米奇共同化解一次可能发起第三次世界大战的致命阴谋......