将自然现象・物理法则的再现与物质的生成以超物理的方式实行的技术体系“咒式”。通过这种咒式，人类将过去被称作“魔法”而受人畏惧的力量，成功地自由操纵。“咒式”给生活的各种领域都带来了恩惠，甚至大有将曾经飞扬跋扈的“龙”以及“异貌者”都驱逐之势，并实现了急速的发展。靠使用咒式解决问题并赚取赏金为生的两位攻性咒式士，嘉优斯与吉吉那。在混沌的国境城镇艾理达那经营咒式士事务所的他们，收到了狩猎“龙”的工作，但那却是错综复杂的阴谋与策谋的开始——

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目